협회의 워크샵은 년 4회에 걸쳐 회원 학교기업의 회계 및 세무에 관한 연구발표와 현장 실무 교육 중심의 다양한 직무교육 프로그램으로 시행하고 있으며, 업종별 분임토의 등을 통해 전문성을 향상시키고 있다. 또한 학교기업과 관련 된 중요 현안문제를 논의하여 교육부와 한국산업기술진흥원에 건의하며, 학교기업간 상호 정보 교류의 장을 제공함으로서 실무에 많은 도움을 주고 있다.